Zentrales Anliegen des Instituts für Bodenkunde ist es, in der Forschung Kenntnisse über Bodeneigenschaften und Funktionen sowie über Prozesse in Böden und ihre Wechselwirkung mit anderen Kompartimenten des Erd- und Klimasystems zu verbessern und diese Kenntnisse in der Lehre weiterzugeben.

Das Institut für Bodenkunde trägt die interdisziplinären Studiengänge B.Sc. und M.Sc. "Geowissenschaften" maßgeblich mit und ist an den internationalen M.Sc.-Studiengängen "Integrated Climate System Sciences" (ICSS) und "Polar and Marine Sciences" (POMOR) beteiligt. Die Graduiertenausbildung findet überwiegend in strukturierten Graduiertenprogrammen statt.

Das Institut für Bodenkunde ist eine Lehr- und Forschungseinrichtung des Fachbereiches Erdsystemwissenschaften an der Fakultät für Mathematik, Informatik und Naturwissenschaften (MIN) der Universität Hamburg. Die Bodenkunde ist am Exzellenzcluster "Integrated Climate System Analysis and Prediction" (CliSAP) beteiligt sowie Teil des KlimaCampus Hamburg. Viele Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler des Instituts sind Mitglied im Centrum für Erdsystemforschung und Nachhaltigkeit (CEN), dem ersten Forschungszentrum der Universität Hamburg.