Zentrales Anliegen des Instituts für Bodenkunde ist es, in der Forschung Kenntnisse über Bodeneigenschaften und Funktionen sowie über Prozesse in Böden und ihre Wechselwirkung mit anderen Kompartimenten des Erd- und Klimasystems zu verbessern und diese Kenntnisse in der Lehre weiterzugeben.

Das Institut für Bodenkunde trägt die interdisziplinären Studiengänge B.Sc. und M.Sc. "Geowissenschaften" maßgeblich mit und ist an dem internationalen M.Sc.-Studiengang "Integrated Climate System Sciences" (ICSS) beteiligt. Die Graduiertenausbildung findet überwiegend in strukturierten Graduiertenprogrammen (School of Integrated Climate System Sciences, Graduiertenkolleg 2530 Biota-mediated effects on Carbon cycling in Estuaries) statt.

Das Institut für Bodenkunde ist eine Lehr- und Forschungseinrichtung des Fachbereiches Erdsystemwissenschaften an der Fakultät für Mathematik, Informatik und Naturwissenschaften (MIN) der Universität Hamburg. Das Institut für Bodenkunde ist am Exzellenzcluster CLICCS (Climate, Climatic Change, and Society) und am Graduiertenkolleg 2530 Biota-mediated effects on Carbon cycling in Estuaries beteiligt  und ist Teil des KlimaCampus Hamburg. Viele Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler des Instituts sind Mitglied im Centrum für Erdsystemforschung und Nachhaltigkeit (CEN), dem ersten Forschungszentrum der Universität Hamburg.